Vznik Špeciálnej základnej školy v Novákoch sa datuje od roku 1985 (vtedy ešte osobitná škola), kedy v šk. r. 1985/86 bola zriadená ako jednotriedka. Už v nasledujúcom šk. r. 1986/87 boli otvorené 2 triedy. Vyučovanie bolo realizované v priestoroch  ŠKD ZDŠ Nováky. Prvým riaditeľom ŠZŠ bol p. Ľudovít Lomnický, a to v rokoch1985/86 - 1987/88. Neskôr, v rokoch 1988/89 až 1996/97, vykonávala funkciu riaditeľky školy  p. Anna Závadská.  Od roku 1997 až doposiaľ je riaditeľkou  Mgr. Lea Novotková. ŠZŠ mala taktiež svoje elokované pracovisko v Nitrianskom Rudne, kde výučba prebiehala v 2 triedach miestnej materskej školy, a to v rokoch 1988/89 až 2005/06.